▶ 環境の準備が面倒
SassファイルはそのままではCSSとしてブラウザが認識できるものではありません。「コンパイル」という作業をして、CSSに変換してあげる必要があります。そのために必要なツールをインストールしないとならないのが難点です。これが面倒で導入をしない方も多いです。
ですが、最近ではフリーかつ強力なアプリが多数あり、ストレスもなくなりました。
「Sass 環境構築」で確認してください。
▶ 全ての人がSassを導入しているわけではない
私が思う最大のデメリットです。例えば公開までこちらで作業をして、公開以降はクライアントでメンテをしていくなんて場合も多いでしょう。逆も然りで、クライアントの既存サイトを修正していくこともあります。そんな場合、クライアント側がSassを導入していなければCSSを編集していくことになり、Sassは使えなくなってしまいます。
こちらも諦める前に運用方法でカバーできることもあります。クライアント用に修正用のCSSを用意して、修正のスタイルはそちらに書いていってもらうことでSassが使えなくなってしまうことを防ぐことができます。